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自然生态是太平湖风景区最大的王牌。湖水终年清澈碧透，达国家一级水质标准，可直接饮用。湖畔青山起伏连绵，植被繁茂，森林覆盖率达95%；动植物资源十分丰富，共有树种41科400余种，动物320 余种。自然条件十分优越，四季鲜果不断，盛产各种土特产品，著名的如太平猴魁、黄山毛峰、猕猴桃、香榧、野生干鱼、太平湖银鱼等。湖处南北种混杂的过渡地带；动物种类繁多，主要为东洋界型和古北界型。禽类有飞禽170种，分别隶属于17目40科。其中白鹳、白颈长尾雉等属国家一类保护动物，白鹇、草鹗等属国家二类保护动物。哺乳类景区内有哺乳类动物70余种。其中梅花鹿、黑鹿、云豹、金钱豹等为国家一类保护动物，猕猴、短尾猴、穿山甲、大灵猫、小灵猫、獐、毛冠麂、苏门羚、黑熊、麋鹿、水獭等为国家二类保护动物。爬行类已知的爬行类动物40 余种。常见的有鳖、乌龟、鹰嘴龟、草蜥、蛇蜥及竹叶、金环、银环、小百花、乌梢、蝮蛇等。两栖类已发现境内有两栖类动物20余种。主要有大鲵、黑斑蛙、竹叶蛙、棘胸蛙、蟾蜍、沼蛙、花臭蛙、蝾螈等。其中大鲵（娃娃鱼）属国家二类保护动物。鱼类有鱼类43种，分属6科。其中肉食性鱼类23种，底栖生物食性鱼类5种，周丛生物和碎屑良性鱼类5种，浮游生物食性鱼类8种，草食性鱼类2种，杂食性鱼类20种。此外，还有蟹、螺、蚌、虾等水生动物和蜂、蝶、蜻蜓、蟋蟀、螳螂、蝉等种类繁多的虫类。景区内常见植物有木、竹、药材、花卉、农作物等400余种。常见阔叶林树种主要有青冈、苦楮、石栎、紫楠、木荷、大叶锥栗、樟树、青栲、甜楮等。落叶阔叶树种主要有麻栎、小叶栎、枫香、栓皮栎、黄檀、山杨、黄檫、黄连木、香椿、臭椿、野漆、黄山柃木等。针叶树种主要有山木、马尾松、黄山松、刺柏、香榧等。稀有珍贵树种41科72种，主要有银杏、金钱松、三尖杉、南方红豆杉、红楠、杜仲、香果树、华东黄杉、南方铁杉、黄山木兰、天竺桂、青檀、天目紫荆等。